据介绍，该片由王海峰任总制片人、郑保瑞监制执导、杜家毅监制编剧，于2021年8月6日立项至2024年12月底杀青，历时34个月的准备，6个月的拍摄。这期间历经炎夏与寒冬，2179位中国电影台前幕后演职人员和超45000人次演员参演，并辗转福建泉州、江苏无锡两地取景拍摄。

筹备期间，为了一比一真实还原这场海战中的各式战船，剧组主创调取、查阅及实地走访调查近百万字的历史资料，最终实现了这场海战过程中所涉及的5种不同制式共计50艘舰船的复刻建造，其中长达近40米的主战舰船就复刻了12艘之多。与此相较，上海中国海洋博物馆中，唯一一艘复刻的古战船长度仅为31米，而《澎湖海战》所复刻的古战船，是迄今国内复刻体积最大，也是精细度最高及数量最多的。杀青后，谈及这些一比一还原的古战船最终去向，片方负责人称，“这些复刻的古战船，大部分在‘战火中’被撞毁炸坏，还有几艘被一些博物馆和景区收藏起来了。”

海战戏难拍，早已是业内共识。电影《澎湖海战》海战部分既有福建泉州海边搭建的两万八千平方米实景，也有江苏无锡搭建的数万平方米的战船码头实景及部分台澎实景。